Pour utiliser correctement un désherbeur thermique, il est important de se placer à environ 10 centimètres de la plante à éradiquer, de pointer l’embout de la lance puis d’actionner le mécanisme. Le désherbage thermique est beaucoup plus efficace sur les jeunes plantes que sur les anciennes, il est ainsi conseillé de s’y prendre dès l’apparition des jeunes pousses de mauvaises herbes. Certaines espèces d’adventices particulièrement résistantes comme le chiendent ou le pissenlit nécessitent un deuxième choc thermique une dizaine de jours après le premier afin d’être totalement éliminées.
Il faut également savoir que le rayon d’action du désherbeur thermique n’est pas très précis et que ce type de désherbage est donc plutôt adapté aux allées de graviers, aux bordures de plantes-bandes ou aux terrasses. Dans un massif de fleurs ou au potager, il sera en effet difficile de viser une mauvaise herbe en particulier sans risquer de toucher la plante décorative ou comestible qui se trouve à 2 ou 3 cm d’elle. Certains professionnels parviennent toutefois à utiliser efficacement le désherbage thermique sur leurs cultures de carottes ou d’oignons de plein champ grâce à du matériel adapté.